Sebagai Universitas Pesantran UNIDA Gontor menerapkan pendidikan dan pembimbingan mahasiswa santri secara keseluruhan yang mencangkup pembinaan, penerapan disiplin, peningkatan ibadah, pengembangan mental karakter, dan berbagai kegiatan penunjang akademik lainnya.
Dalam pembinaan tersebut, Kemahasiswaan Prodi PAI bekerjasama dengan Direktorat Kepengasuhan dan melibatkan mahasiswa santri itu sendiri untuk ikut serta dalam pelaksanaannya, baik di asrama maupun di luar asrama dengan aturan yang telah disepakati dalam kode etik Universitas.
Menambah wawasan dan khazanah keilmuan Islam mahasiswa dibekali dengan kajian kitab turats setiap minggunya dengan membahas secara struktur dan sistematis
Merupakan suatu rangkaian kegiatan mahasiswa yang memberikan kesempatan bagi masing-masing individu belajar, berdiskusi, menulis hasil karya tulis ilmiah dalam bentuk makalah (paper) yang dipresentasikan.
Setiap bulannya program studi Pendidikan Agama Islam mengadakan kegiatan seminar dan workshop secara berkala baik tingkat nasional maupun internasional dengan menghasisrkan narasumber yang kompeten dibidangnya
Mahasiswa Prodi PAI UNIDA Gontor telah mengukir berbagai macam prestasi baik di tingkat nasional maupun internasional seperti menjadi delegasi Seminar Internasional di Kambodja, Juara Satu Debat Bahasa Arab, Juara Satu Penulisan karaya tulis ilmiah dan masih banyak lagi
Himpunan Mahasiswa merupakan media bagi mahasiswa untuk mengembangkan pola pikir, potensi, dan kepribadian yang berkaitan dengan disiplin ilmunya agar siap terjun ke masyarakat. Himpunan Mahasiswa Program Studi PAI (HMP PAI) berada di tingkat fakultas dan berada di bawah kordinasi Senat Mahasiswa atau sehingga seluruh kegiatannya harus berafiliasi ke program Senat Mahasiswa.
