Sebagai Universitas Pesantran UNIDA Gontor menerapkan pendidikan dan pembimbingan mahasiswa santri secara keseluruhan yang mencangkup pembinaan, penerapan disiplin, peningkatan ibadah, pengembangan mental karakter, dan berbagai kegiatan penunjang akademik lainnya.
Dalam pembinaan tersebut, Kemahasiswaan Prodi PAI bekerjasama dengan Direktorat Kepengasuhan dan melibatkan mahasiswa santri itu sendiri untuk ikut serta dalam pelaksanaannya, baik di asrama maupun di luar asrama dengan aturan yang telah disepakati dalam kode etik Universitas.
Himpunan Mahasiswa merupakan media bagi mahasiswa untuk mengembangkan pola pikir, potensi, dan kepribadian yang berkaitan dengan disiplin ilmunya agar siap terjun ke masyarakat. Himpunan Mahasiswa Program Studi PAI (HMP PAI) berada di tingkat fakultas dan berada di bawah kordinasi Senat Mahasiswa atau sehingga seluruh kegiatannya harus berafiliasi ke program Senat Mahasiswa.